Bei der Behandlung durch Segmenttherapie wird Procain in das von der Krankheit betroffene Körpersegment als Hautquaddel oder Injektion gespritzt. Schon Head und Mackenzee beobachteten, dass bei Erkrankungen der inneren Organe in bestimmten Haut und Unterhautregionen Veränderungen auftreten und folgerten daraus, dass eine nervale Wirkung zwischen inneren Organen und den dazu gehörenden Körperflächen bestehen muss. Sie entdeckten u.a. die so genannten cutivisceralen Reflexbögen (Nervenverbindungen zwischen Haut und inneren Organen oder Muskeln), deren sich die Neuraltherapie wie auch andere Reflextherapien bedienen.
Durch Ausschalten eines Störfeldes mittels Lokalanästhetikum wird die schädigende Wirkung auf die Regulationsfähigkeit des Organismus unterbrochen und ermöglicht somit die Ausheilung der Erkrankung. Besonders eindrucksvoll ist dieser Effekt als so genanntes Sekundenphänomen, in welchem die Heilung einer Fernstörung (z.B. Schmerz) durch Behandlung des Störfeldes in Sekundenschnelle erfolgt.